Este encuentro le permitió a Naruto percatarse de que él era el recipiente contenedor del Kyūbi, y que había alguien que lo estimaba y lo reconocía moralmente como una persona.La historia principal sigue a Naruto y al crecimiento individual de sus amigos, junto a su desarrollo como ninja. Además, se focaliza en las interacciones entre estos y la influencia del entorno en sus personalidades. Conforme transcurre la serie, Naruto se relaciona con Sasuke Uchiha y Sakura Haruno, con quienes conforma el Equipo 7 junto a su sensei Kakashi Hatake. Cabe mencionarse que Naruto confía mucho en ellos así como en otros personajes que irá conociendo poco más adelante. Mientras ellos aprenden nuevas habilidades y conocen a nueva gente y escenarios durante sus misiones, Naruto lucha por su sueño de volverse el máximo líder de su aldea (Hokage) y ser reconocido como alguien importante. Al inicio, la serie se enfoca en los integrantes del Equipo 7, Naruto, Sasuke y Sakura. Poco después,
Orochimaru (uno de los delincuentes más buscados) ataca a la Aldea Oculta de la Hoja, asesinando al Tercer Hokage como acto de venganza personal. Lo anterior desencadena que Jiraiya, uno de los tres legendarios ninja inicie la búsqueda de su antigua compañera de equipo, Tsunade, para designarla como la Quinta Hokage. Durante la búsqueda se revela que Orochimaru quiere encontrar a Sasuke (a quien conoce por sus técnicas de línea sucesoria y oculares), con tal de proponerle el poder que tanto anhela para matar a su hermano Itachi Uchiha, responsable de haber disuelto a todo su clan. Sasuke acepta la proposición y se va a entrenar con él, traicionando a su aldea. Mientras tanto, Naruto decide hacer algo al respecto, por lo que decide dejar la aldea junto a Jiraiya durante dos años y medio con tal de entrenar y prepararse para la próxima vez que se encuentre con Sasuke, a quien intentará salvar.
Al concluir el período de entrenamiento, Naruto regresa a la aldea justo cuando una misteriosa organización denominada Akatsuki intenta capturar a las nueve poderosas bestias bijūs con cola incluyendo al Zorro Demonio de Nueve Colas que permanece sellado dentro de él, con la finalidad de crear una técnica jutsu que les permita controlar al mercado de guerras ninjas. El Equipo 7 y varios ninjas de la aldea luchan
contra los miembros de Akatsuki, sumándose también a la misión que busca rescatar a su antiguo compañero Sasuke. Sin embargo, éste traiciona a Orochimaru y enfrenta a Itachi a manera de venganza. Aunque Itachi muere, Sasuke escucha una revelación de parte del miembro de Akatsuki, Madara Uchiha, donde explica que Itachi tuvo la orden de eliminar a su clan de parte de los altos mandos de la aldea. Entristecido por esto, Sasuke ingresa a las fuerzas de Akatsuki con el objetivo de destruir a la aldea. En tanto, varios miembros de Akatsuki van capturando a los diferentes contenedores de bijūs y jinchūrikis, mientras que dos de sus integrantes, Pain y Konan, invaden y destruyen la aldea en búsqueda de Naruto.
